Filtry do filtracji sterylnej należy okresowo poddawać sterylizacji w celu zniszczenia bakterii i wirusów osadzających się na ich powierzchni. Sterylizacja wkładów tych filtrów może być przeprowadzona w autoklawie lub bezpośrednio w zainstalowanej linii technologicznej (przepływowo parą wodną).
Przykłady sterylizacji sterylnych filtrów sprężonego powietrza (przepływowo parą wodną):

Sterylne powietrze wykorzystywane jest często w przemyśle spożywczym i farmaceutycznym. Wszędzie tam gdzie ma ono bezpośredni kontakt z produktem i chcemy żeby nie dostawały się z nim dodatkowe niepożądane mikroorganizmy.

W celu wytworzenia czystego i sterylnego sprężonego powietrza należy je najpierw uzdatnić (usunąć wodę i wszelkie cząstki olejowe i stałe) za pomocą osuszacza i przemysłowych filtrów. Następnie na tak przygotowane powietrze należy zastosować filtr sterylny.